การตรวจหาการกลายพันธุ์ของยีน PDGFRA: การระบุกลุ่มย่อยของเนื้องอกที่การตรวจหา KIT มองข้ามไป

ภาพรวม

เนื้องอกในเนื้อเยื่อเกี่ยวพันทุกชนิดไม่ได้เกิดจากการกลายพันธุ์ของ KIT และผู้ป่วยที่อยู่นอกกลุ่มนั้นคือเหตุผลที่ต้องทำการตรวจหา PDGFRA การวิเคราะห์นี้มองการทดสอบในมุมมองของประชากร: เนื้องอกชนิดใดที่มีการกลายพันธุ์ของ PDGFRA เนื้องอกเหล่านั้นมักเกิดขึ้นที่ใดในร่างกาย และรายงานควรจำแนกกลุ่มย่อยนี้อย่างไรเพื่อให้แพทย์สามารถดำเนินการได้

วิธีการทำงาน

PDGFRA อยู่ในตระกูลตัวรับเดียวกันกับ KIT และส่งสัญญาณการเจริญเติบโตที่คล้ายคลึงกันผ่านโดเมนไคเนสภายในเซลล์ การเปลี่ยนแปลงที่กระตุ้นการทำงานจะกระจุกตัวอยู่ในสามบริเวณ: exon 18 ซึ่งเข้ารหัส activation loop และมีการแทนที่ D842V ที่พบได้บ่อย exon 12 ซึ่งครอบคลุมบริเวณ juxtamembrane และ exon 14 ซึ่งครอบคลุมบางส่วนของโดเมนไคเนส เนื่องจากตำแหน่งเหล่านี้แตกต่างจากจุดสำคัญของ KIT การส่งคำขอตรวจหา KIT เพียงอย่างเดียวจะให้ผลลบในกลุ่มย่อยนี้ แม้ว่าจะมีตัวขับเคลื่อนระดับตัวรับที่แท้จริงอยู่ก็ตาม การหาลำดับ PDGFRA ควบคู่ไปกับหรือทันทีหลังจาก KIT จะปิดช่องว่างนั้นและจัดประเภทเนื้องอกที่เคยถูกระบุว่าเป็น driver-unknown ใหม่

ข้อบ่งชี้

กลุ่มย่อยที่ควรให้ความสำคัญได้รับการจำแนกอย่างดีแล้ว: เนื้องอกในเนื้อเยื่อเกี่ยวพันที่รายงานว่าเป็น KIT wild-type รอยโรคที่เกิดขึ้นในกระเพาะอาหารหรือเยื่อบุช่องท้อง และกรณีที่แสดงลักษณะทางสัณฐานวิทยาแบบ epithelioid ภายใต้กล้องจุลทรรศน์ ในกรณีที่เนื้อเยื่อมีน้อยและสามารถทำการทดสอบเพิ่มเติมได้เพียงครั้งเดียว ลักษณะเหล่านี้จะระบุผู้ป่วยที่มีแนวโน้มมากที่สุดที่จะได้รับผล PDGFRA ที่ให้ข้อมูล การทดสอบใช้สำหรับการจำแนกประเภทโมเลกุลของเนื้องอก และควรตีความควบคู่ไปกับจุลพยาธิวิทยามากกว่าการตีความแยกกัน

ข้อกำหนดและการรายงาน

เนื้อเยื่อที่ตรึงด้วยฟอร์มาลินเป็นอินพุตมาตรฐาน โดยห้องปฏิบัติการจะยืนยันความหนาแน่นของเซลล์เนื้องอกก่อนการสกัด ควรครอบคลุม exon 12, 14 และ 18 และรายงานควรกำหนดผลการค้นพบ exon 18 D842V อย่างชัดเจน แทนที่จะรวมไว้ในหมวดหมู่ exon 18 ทั่วไป เนื่องจากมีการแทนที่เฉพาะนี้ที่กำหนดกลุ่มย่อยที่แตกต่างกันภายในกลุ่มย่อย อัตราส่วนของอัลลีลที่แปรผัน ผลลัพธ์ของโปรตีนที่คาดการณ์ และขีดจำกัดการตรวจจับของการทดสอบ จะทำให้รายงานสามารถนำไปใช้ได้

การจัดเก็บและการจัดหา

ในกรณีที่ PDGFRA ตามหลังคำขอ KIT เป็นการทดสอบแบบ reflex ข้อจำกัดในทางปฏิบัติคือเนื้อเยื่อที่เหลืออยู่มากกว่าอุณหภูมิ โปรดตรวจสอบกับห้องปฏิบัติการว่าบล็อกเดียวสามารถรองรับส่วนตัดได้กี่ส่วน และ DNA ที่สกัดออกมาจะถูกเก็บไว้สำหรับการขอในภายหลังหรือไม่ เนื่องจากมักเป็นไปไม่ได้ที่จะตัดบล็อกที่หมดแล้วใหม่ บล็อกจะถูกขนส่งที่อุณหภูมิห้อง ในขณะที่กรดนิวคลีอิกที่เก็บไว้จะถูกเก็บรักษาแบบแช่แข็ง การตกลงเกณฑ์ reflex ล่วงหน้าจะช่วยหลีกเลี่ยงการขอตัวอย่างครั้งที่สองที่ผู้ป่วยอาจไม่สามารถให้ได้

คำถามที่พบบ่อย

ถาม: ผู้ป่วยรายใดควรได้รับการจัดลำดับความสำคัญสำหรับการวิเคราะห์ PDGFRA เมื่อมีเนื้อเยื่อจำกัด? จัดลำดับความสำคัญของกรณี KIT wild-type, เนื้องอกต้นกำเนิดในกระเพาะอาหารหรือเยื่อบุช่องท้อง และเนื้องอกที่มีลักษณะ epithelioid ลักษณะเหล่านี้จะเพิ่มผลการวินิจฉัยเมื่อสามารถจัดสรรส่วนตัดเพิ่มเติมได้เพียงส่วนเดียว

ถาม: เหตุใดการแทนที่ exon 18 D842V จึงถูกแยกออกมาในรายงาน? เป็นการเปลี่ยนแปลง PDGFRA ที่พบได้บ่อยที่สุดและมีพฤติกรรมเหมือนหมวดหมู่โมเลกุลของตัวเอง ดังนั้นการจัดกลุ่มไว้ภายใต้หัวข้อ exon 18 ทั่วไปจะทำให้ความแตกต่างที่ทำให้ผลลัพธ์สามารถนำไปปฏิบัติได้สูญเสียไป

ถาม: การค้นพบ PDGFRA-positive เปลี่ยนแปลงการจำแนกประเภทของเนื้องอกหรือไม่? มันจะย้ายเคสจาก driver-unknown ไปสู่กลุ่มย่อยโมเลกุลที่กำหนด การวินิจฉัยทางกายวิภาคยังคงอยู่ แต่การจำแนกประเภทโมเลกุลและกลุ่มประชากรที่ผู้ป่วยสังกัดอยู่จะเปลี่ยนแปลงไป