ภาพรวม

การทดสอบมะเร็งปอด 20 ยีนด้วย NGS ใช้การจัดลำดับแบบไฮทรูพุตเพื่อสำรวจยีนที่เกี่ยวข้องกับมะเร็งยี่สิบยีนในการทดสอบครั้งเดียว ช่วยระบุการเปลี่ยนแปลงที่นำไปสู่การรักษาแบบจำเพาะเจาะจง เบื้องหลังรายงานคือขั้นตอนการทำงานหลายขั้นตอนที่เปลี่ยนตัวอย่างเนื้องอกขนาดเล็กให้เป็นรายการการเปลี่ยนแปลงที่สามารถตีความได้ บทความนี้จะอธิบายกลไกโมเลกุลของขั้นตอนการทำงานดังกล่าวโดยไม่กล่าวเกินจริงถึงผลลัพธ์ทางคลินิก เพื่อให้ทีมจัดซื้อและทีมห้องปฏิบัติการเข้าใจว่าผลลัพธ์ขึ้นอยู่กับอะไร การชื่นชมแต่ละขั้นตอนช่วยให้ผู้ที่ไม่ใช่ผู้เชี่ยวชาญตีความรายงานได้อย่างมีความรับผิดชอบ เนื่องจากรายการการเปลี่ยนแปลงสุดท้ายจะน่าเชื่อถือเท่ากับขั้นตอนการสกัด การเตรียมไลบรารี และการจัดแนวที่มาก่อนหน้านี้ การป้อนข้อมูลที่อ่อนแอในจุดใดจุดหนึ่งจะส่งผลให้เกิดผลลัพธ์ที่ไม่แน่นอนซึ่งอาจทำให้การรักษาผิดพลาดและล่าช้าในการดูแลที่เหมาะสม

จากตัวอย่างสู่ไลบรารีที่พร้อมสำหรับการจัดลำดับ

DNA หรือ RNA ของเนื้องอกจะถูกสกัดจากตัวอย่างที่ได้รับและประเมินคุณภาพ ชิ้นส่วนจะถูกติดเข้ากับอะแดปเตอร์เฉพาะแพลตฟอร์ม และการเพิ่มจำนวนจะสร้างไลบรารีที่พร้อมสำหรับการจัดลำดับ สำหรับมะเร็งปอด แผงจะถูกเสริมด้วยยีนเช่น EGFR, ALK, ROS1, BRAF และ KRAS ดังนั้นการเตรียมไลบรารีจะเน้นการอ่านไปยังบริเวณที่มีแนวโน้มที่จะมีการเปลี่ยนแปลงที่สามารถรักษาได้มากที่สุด ในขณะที่จำกัดการครอบคลุมที่สูญเปล่าในลำดับที่ไม่เกี่ยวข้อง

การจัดลำดับด้วยการสังเคราะห์และการจัดแนวการอ่าน

แพลตฟอร์มสมัยใหม่จะอ่านชิ้นส่วนสั้นๆ หลายล้านชิ้นผ่านการจัดลำดับด้วยการสังเคราะห์ โดยบันทึกอันดับของนิวคลีโอไทด์เป็นสัญญาณเรืองแสง จากนั้นชีวสารสนเทศจะจัดแนวการอ่านเหล่านี้กับจีโนมอ้างอิง โดยเปรียบเทียบลำดับเนื้องอกกับลำดับปกติเพื่อแยกความแตกต่างของการเปลี่ยนแปลงที่แท้จริงจากสัญญาณรบกวนพื้นหลัง ความลึกของการครอบคลุมจะกำหนดความมั่นใจในการเรียกการเปลี่ยนแปลงที่หายาก และการทำเครื่องหมายสำเนาจะช่วยลบสิ่งประดิษฐ์จากการเพิ่มจำนวนก่อนการตีความ

การเรียกและการตีความการเปลี่ยนแปลง

หลังจากการจัดแนว ไปป์ไลน์จะระบุการแทนที่ การแทรกหรือการลบขนาดเล็ก และเหตุการณ์การเปลี่ยนแปลงจำนวนสำเนาหรือการหลอมรวม การค้นพบแต่ละรายการจะถูกจัดประเภทตามความสำคัญที่ทราบ และการเปลี่ยนแปลงที่มีความสำคัญไม่ทราบจะถูกแยกออกจากรายการที่มีความสัมพันธ์กับการรักษาหรือการทดลอง รายงานสุดท้ายจะแปลผลการอ่านโมเลกุลให้เป็นรายการที่กระชับซึ่งทีมดูแลสามารถดำเนินการได้ พร้อมด้วยการระบุความมั่นใจที่ชัดเจนสำหรับการเปลี่ยนแปลงที่เรียกแต่ละรายการ

คำถามที่พบบ่อย

ถาม: แผง 20 ยีนวัดอะไรบ้าง? ตอบ: มันจัดลำดับยีนที่เกี่ยวข้องกับมะเร็งที่เลือกไว้ 20 ยีนเพื่อค้นหาการแทนที่ การแทรก/การลบ การเปลี่ยนแปลงจำนวนสำเนา และการหลอมรวมที่เกี่ยวข้องกับการรักษามะเร็งปอด

ถาม: ความลึกของการครอบคลุมมีความสำคัญอย่างไร? ตอบ: ความลึกที่สูงขึ้นช่วยเพิ่มความมั่นใจในการตรวจจับการเปลี่ยนแปลงความถี่ต่ำและลดการเรียกผิดจากสัญญาณรบกวนการจัดลำดับ

ถาม: การเปลี่ยนแปลงที่ตรวจพบทั้งหมดสามารถรักษาได้ทางคลินิกหรือไม่? ตอบ: ไม่ การเปลี่ยนแปลงจำนวนมากมีความสำคัญไม่ทราบ มีเพียงรายการที่มีการเชื่อมโยงการรักษาหรือการทดลองที่จัดตั้งขึ้นเท่านั้นที่ควรนำไปสู่การตัดสินใจ